Orawska miejscowość Zubrzyca powstała w połowie XVI wieku, wzdłuż rzeki o tej samej nazwie, na pierwotnym obszarze Jabłonki, w ramach akcji kolonizacyjnej prowadzonej przez właścicieli ziemskich dominium zamkowego, której celem było osiedlenie na stałe wolnej ludności zajmującej się pasterstwem. Na początku XVII w. miejscowość podzieliła się na Górną i Dolną.

Pierwsza pisemna wzmianka o Zubrzycy Dolnej pochodzi z 1614 roku. W tym czasie we wsi „Nižnia Zubrycza“ mieszkał sołtys z jednym chłopem i innymi pięcioma chłopami wołoskimi. Wieś stosunkowo szybko się rozrosła i w 1659 r. żyło w niej już 524 mieszkańców. Podczas wojen religijnych i powstań antyhabsburskich pod koniec XVII w. opustoszała, a majątek osób, które przeżyły nie był im w stanie zapewnić nawet dziennego wyżywienia. Mieszkańcy zajmowali się głównie hodowlą bydła, rolnictwem, uprawą lnu, a dorabiali sobie handlem siemieniem lnianym, nićmi i płótnem. Na początku XVIII w. istnieją tutaj dwa młyny o jednym kamieniu. W 1800 r. Państwo Orawskie założyło w Zubrzycy Dolnej warzelnię piwa.

Zubrzyca Dolna początkowo należała do parafii w Jabłonce, później w Orawce, a w końcu do Zubrzycy Górnej. We wsi do dnia dzisiejszego zachowały się przydrożne figury sakralne i kapliczki, a najstarszym takim obiektem jest kamienna rzeźba Świętej Trójcy z 1749 r. Z początku XIX w. pochodzi drewniana loretańska dzwonnica znajdująca się przy Potoku Zubrzyckim, która pełniła ważną rolę przed wybudowaniem kościoła. Dzwoniono w niej podczas świąt kościelnych, z okazji zgonów oraz kiedy wybuchały we wsi pożary. Wykorzystywano ją również do rozpędzania chmur podczas burz.

Według spisu ludności z 1880 r., który to po raz pierwszy uwzględniał język ojczysty, liczyła 183 domy i 873 mieszkańców, z których 843, a więc 96,56%, było narodowości słowackiej. W 1920 r. Zubrzyca Dolna wraz z kilkoma innymi orawskimi miejscowościami została przyłączona do Polski, w 1939 r. z powrotem została włączona do Słowacji, a w 1945 r. ponownie przyłączona do Polski, gdzie leży do dnia dzisiejszego. Po przyłączeniu do Polski część mieszkańców narodowości słowackiej wyemigrowała do ówczesnej Czechosłowacji.

Po II wojnie światowej we wsi utworzono szkołę ze słowackim językiem nauczania. W późniejszym okresie język słowacki nauczano już tylko jako przedmiot nadobowiązkowy, a obecnie nie jest już nauczany. Słowacy w tej miejscowości zorganizowani są w Kole Towarzystwa Słowaków w Polsce, przy którym w przeszłości działał teatrzyk oraz orkiestra dęta podtrzymująca lokalne tradycje kulturalne. W latach osiemdziesiątych XX w. wybudowano we wsi kościół pod wezwaniem Matki Bożej Szkaplerznej, poświęcony w 2000 r.