Nazwa wsi według jednej z teorii pochodzi od nazwy ludowej pewnego rodzaju trawy. Według innej teorii zaś od lip, które miały w tym miejscu rosnąć w znacznej ilości. Pierwszym sołtysem był Michal Smetana, a we wsi, oprócz niego, zamieszkiwało jeszcze 9 innych chłopów wołoskich, gospodarujących na przydzielonych im tzw. zarębkach, ciągnących się wzdłuż całego obszaru katastralnego wsi. Lipnica Dolna jest stosunkowo rozległą wsią i posiada, podobnie jak inne wsie orawskie łańcuchowe osiedlenie łazowe.

Po założeniu wieś rozwijała się stosunkowo szybko, już w 1627 r. miała własny kościół, należała jednak do parafii Jabłonka. W drugiej połowie XVII w. do sołtystwa lipnickiego należała również osada Kiczory i Raztoki. Według spisu ludności z 1659 r. żyło tutaj 796 katolików i 88 ewangelików, łącznie 884 osób. Spustoszenia w trakcie powstań antyhabsburskich i przemarszu wojsk litewskich króla Jana III Sobieskiego spowodowały, iż miejscowość opustoszała, a ci mieszkańcy, którzy przeżyli ledwo byli w stanie się wyżywić. Wieś na początku XVIII w. ponownie zaczyna się rozwijać w związku z przybyciem kolejnych osadników. Mieszkańcy początkowo trudnili się głównie pasterstwem, później rolnictwem i hodowlą bydła, sprzedażą sera, masła, płótna, nici i lnu na terenach całej Orawskiej Stolicy. We wsi żyli również tkacze i kowal, a Lipniczanie w okresie prac sezonowych wyjeżdżali na zarobek do innych węgierskich komitatów.

W 1763 r. rozpoczęto we wsi budowę pierwszego murowanego kościoła w późnobarokowym stylu pod wezwaniem św. Łukasza, pierwotny, drewniany kościół sprzedano do pobliskiej wsi Chyżne. Według legendy świątynia ta została wybudowana za pieniądze zbójnickie, o czym świadczyć miał zbójnicki kij pasterski na plebanii. W kościele do dnia dzisiejszego znajduje się napis i droga krzyżowa z napisami w języku słowackim. W 1837 r. o Lipnicy pisano, że „jest to wieś słowacka pod Babią Górą, 3380 katolików, 23 Żydów; mieszkańcy mieszkają w domach rozrzuconych po całym obszarze katastralnym, produkują dużo sera, masła, płótna”. Według ówczesnego polskiego przewodnika turystycznego lipnickie płótno było bardzo cenne.

Na przełomie XIX i XX w. spora liczba mieszkańców wyjechała za pracą i w poszukiwaniu lepszych warunków życia do Ameryki. W 1920 r. część Dolnej Lipnicy wraz z kilkoma innymi orawskimi miejscowościami została przyłączona do Polski, a 4 lata później do Polski przyłączona została jej pozostała część, otrzymała wówczas nową nazwę Lipnica Wielka. Po przyłączeniu do Polski część jej mieszkańców wyemigrowała do ówczesnej Czechosłowacji, gdzie wspólnie z innymi mieszkańcami przyłączonych do Polski miejscowości założyli miejscowość Slávikovo (obecnie Orávka). W 1939 r. wieś z powrotem została włączona do Słowacji, a w 1945 r. ponownie przyłączona do Polski, gdzie leży do dnia dzisiejszego. Również po kolejnym przyłączeniu do Polski część mieszkańców narodowości słowackiej wyemigrowała do ówczesnej Czechosłowacji, na Žitnom ostrove założyła miejscowość Nová Lipnica, która jest obecnie dzielnicą Dunajskiej Lužnej.
Po II wojnie światowej we wsi utworzono szkołę ze słowackim językiem nauczania, który później był nauczany jako przedmiot nadobowiązkowy. Miejscowi Słowacy założyli tutaj w przeszłości teatrzyk i kapelę ludową. Obecnie język słowacki nie jest nauczany w miejscowych szkołach, natomiast we wsi istnieje Koło Towarzystwa Słowaków w Polsce. W Lipnicy Wielkiej, składającej się z czterech części: Murowanicy, Centrum, Skoczyki i Przywarówka mieszka obecnie około 5870 mieszkańców. Z zabytków można tutaj podziwiać drewniane dzwonnice, przydrożne kapliczki, drewniane i kamienne figury oraz krzyże przydrożne z XVII i XIX w.