Názov obce je podľa jednej z teórií odvedený od ľudového pomenovania istého druhy trávy, podľa inej teórie zas podľa líp, ktoré tu mali rásť v hojnom počte. Prvým šoltýsom bol Michal Smetana, pričom okrem neho obec obývalo ešte ďalších 9 valaských sedliakov, obrábajúcich im určené tzv. zárubky, tiahnuce sa pozdĺž celého chotára. Dolná Lipnica je teda pomerne rozľahlou dedinou a má, podobne ako ďalšie obce hornej Oravy, kopaničiarske reťazové osídlenie.
Od svojho založenia sa obec pomerne rýchlo rozvíjala a už v roku 1627 mala postavený vlastný kostol, cirkevne však patrila k Jablonke. V druhej polovici 17. storočia boli pod správou dolnolipníckeho šoltýsa okrem samotnej Lipnice aj osady Kýčery a Ráztoky. Podľa sčítania z roku 1659 tu žilo 796 katolíkov a 88 evanjelikov, celkovo 884 ľudí. Pustošenie počas náboženských vojen v 17. storočí a prechod litovských vojsk poľského kráľa Jána Sobieského však spôsobil, že obec veľmi spustla a obyvatelia, ktorí prežili, mali majetok sotva na každodenné prežitie. Pomaly spamätávať sa začali až začiatkom 18. storočia, kedy tu prichádzajú ďalší osadníci. Obyvatelia Dolnej Lipnice sa spočiatku zaoberali najmä pastierstvom, neskôr roľníctvom a dobytkárstvom, ale aj predajom syra, masla, plátna, nití a ľanu po celej Oravskej stolici. V obci žili tiež tkáči a kováč, pričom Lipničania si počas sezónnych prác chodili privyrábať aj do iných uhorských stolíc.

V roku 1763 začali budovať svoj prvý murovaný kostol v neskorobarokovom štýle, zasvätený sv. Lukášovi, pričom pôvodný drevený kostol predali do neďalekej obce Chyžné. Podľa legendy bol tento chrám vystavaný za zbojnícke peniaze, o čom mal svedčiť nápis a zbojnícky bunkoš na fare. V kostole sa dodnes nachádza nápis na klenbe a krížová cesta s nápismi v slovenskom jazyku. V roku 1837 sa o Dolnej Lipnici písalo, že „je to slovenská obec pod Babou horou, 3380 katolíkov, 23 židov; obyvatelia bývajú v domoch roztrúsených po celom chotári, vyrábajú veľa syra, masla, plátna“. Podľa poľskej turistickej príručky bolo dolnolipnické plátno veľmi cenené.

Dolná Lipnica bola tiež jedným z centier slovenského národného hnutia na hornej Orave. Koncom 19. storočia v obci pôsobil ako kňaz jeden zo zakladajúcich členov Matice slovenskej Štefan Radlinský (1822-1889) a po ňom kazateľ a slovenský vlastenec Jozef Bonk (1858-1918). Obaja sú v obci aj pochovaní. Pochovaná je tu taktiež matka prvého menovaného Alžbeta Radlinská, ktorá bola neterou kodifikátora spisovnej slovenčiny Antona Bernoláka. Z Dolnej Lipnice pochádzajú tiež ďalšie osobnosti slovenského kultúrneho života ako slovenský kňaz a literát Karol Vojtušák (1858-1931), prvý predstavený kláštora redemptoristov v Stropkove Karol Stašík (1868-1958), slovenský kňaz a literát Ignác Klózik (1861-1918), či slovenský redaktor, básnik a prekladateľ Anton Kudja Riavin. Podľa sčítania obyvateľstva z roku 1880, uvádzajúceho po prvýkrát aj materinský jazyk, mala obec 574 domov a 2828 obyvateľov, z ktorých bola drvivá väčšina – 2721, teda 96,22% Slovákmi. Na prelome 19. a 20. storočia sa viacerí Dolnolipničania vysťahovali za prácou a vidinou lepšieho života do Ameriky.

V roku 1939 bola Dolná Lipnica pripojená späť ku Slovensku a v roku 1945 opäť k Poľsku, kde leží dodnes. Aj po druhom pripojení k Poľsku sa časť obyvateľov vysťahovala do vtedajšieho Československa a na Žitnom ostrove založila obec Nová Lipnica, ktorá je dnes miestnou časťou Dunajskej Lužnej.
Po vojne jestvovala v Dolnej Lipnici škola so slovenským vyučovacím jazykom, neskôr sa tu vyučovala slovenčina ako nepovinný predmet. Miestni Slováci si tu založili tiež divadielko a ľudovú kapelu. V súčasnosti sa v miestnych školách slovenský jazyk už nevyučuje, avšak funguje tu miestna skupina Spolku Slovákov v Poľsku. V obci, dnes zloženej zo štyroch miestnych častí: Murovanica, Centrum, Skočiky a Prívarovka, žije približne 5870 obyvateľov. Z pamiatok tu možno obdivovať drevené zvonice, prícestné kaplnky, či kamenné i drevené figúry a krucifixy z 18. a 19. storočia.