Prvá písomná zmienka o Jablonke na Orave pochádza z roku 1558. Jablonka je tak jednou z najstarších obcí na území hornej Oravy, ktoré boli zakladané pánmi oravského hradu, za účelom kolonizácie menej úrodných vysokohorských oblastí. Za svoje meno vďačí prvým šoltýsom Sebastiánovi a Vincentovi Jablonovským, ktorí sa tu usadili spolu s ďalšími štyrmi sedliakmi. V roku 1597 si obyvatelia postavili v obci drevený kostol, keď ešte dva roky skôr Juraj Thurzo založil v Jablonke farnosť a zároveň zvýšil počet valaských usadlostí na dvadsať, čím dedina získala predpoklady, aby sa stala jedným z hlavných centier hornej Oravy. Prestíž obce zvýšilo taktiež zriadenie osobitného zámockého španátu, či lokalizácia skladu soli. O tom, že Jablonka sa stala neoddeliteľnou súčasťou súvekých obchodných ciest svedčí aj fakt, že začiatkom 17. storočia tu bol zriadený hostinec.
V roku 1659 žilo v obci 626 katolíkov a 231 evanjelikov, spolu teda 857 ľudí. Priaznivý vývoj zabrzdili kurucké vojny a pustošenie litovských vojsk poľského kráľa Jána Sobieského, po ktorých bola Jablonka takmer úplne zničená. Začiatkom 18. storočia sa väčšina obyvateľov zaoberala poľnohospodárstvom, pričom určitý čas tu fungovalo až päť mlynov a píla. Okrem tradičných poľnohospodárskych produktov miestni pestovali tiež ľan, ktorého semeno predávali a z vlákien robili plátno. Okrem plátenníkov tu boli aj tkáči a farbiari, ktorí vyrobené plátno farbili a predávali v okolí. V roku 1828 bol v Jablonke zriadený tridsiatkový úrad a obec sa stala významným plátenníckym miestom s tridsiatkom.
Začiatkom 19. storočia bol v obci vystavaný nový murovaný kostol Premenenia Pána. V čase národných obrodení bola Jablonka jedným z centier slovenského národného hnutia. Z obce pochádzal predstaviteľ mladšej kollárovsko-hamuljakovskej generácie kňaz Ignác Kolkovič (1791-1848), slovenský cirkevný spisovateľ a autor diela Mrawné zrkadlo mládeži wenowané (1852), dekan Ján Machay (1790-1865), autor noviel a ľudových rozprávok v slovenskom jazyku Pavol Machay i viacero národne uvedomelých kňazov, pôsobiacich v celom Uhorsku. V poľskom geografickom slovníku z konca 19. storočia bola Jablonka uvedená ako „slovenská obec na Podhalí oravskom, teda na Orave (Uhorsko)”. Podľa sčítania obyvateľstva z roku 1880, uvádzajúceho po prvýkrát aj materinský jazyk, mala obec 655 domov a 3126 obyvateľov, z ktorých bolo 3021, teda 96,64% Slovákov.
Začiatkom 20. storočia vychádzal v obci pod gesciou miestneho kňaza Štefana Pirončáka slovenský náboženský časopis s celouhorskou pôsobnosťou Kráľovná svätého ruženca a známy slovenský národovec z Oravy Ferko Skyčák tu založil ľudovú banku, ktorá po viacerých obmenách funguje dodnes. A boli to práve obyvatelia hornej Oravy, ktorí spomínaného F. Skyčáka zvolili svojimi hlasmi, ako jedného z mála slovenských poslancov, do uhorského snemu. V tom čase boli na hornú Oravu exportované z Haliča aj polonofilské myšlienky, ktorých hlavným nositeľom sa stal jablonský rodák, klerik Ferdinand Machay.
V roku 1920 bola Jablonka spolu s niekoľkými ďalšími oravskými obcami pripojená k Poľsku, v roku 1939 späť ku Slovensku a v roku 1945 opäť k Poľsku, kde leží dodnes. Po pripojení k Poľsku sa z obce vysťahovalo viacero rodín do vtedajšieho Československa. Po vojne sa Jablonka postupne stala jedným z centier slovenského národného hnutia v Poľsku. Bola tu založená základná škola so slovenským vyučovacím jazykom a v roku 1951 tu vzniklo prvé a jediné lýceum so slovenským vyučovacím jazykom v Poľsku, ktoré je dodnes jednou z dvoch škôl poskytujúcich stredoškolské vzdelanie na hornej Orave. Dnes sa tu však slovenčina vyučuje už iba ako cudzí jazyk. Slováci si v minulosti v obci založili tiež folklórny súbor, ľudovú hudbu i dychovku. V súčasnosti má v Jablonke sídlo Obvodný výbor Spolku Slovákov v Poľsku, nachádza sa tu tiež krajanská klubovňa a stavba nového Slovenského domu. Obec je známa aj svojim trhom, ktorý dodnes hojne navštevujú obyvatelia z celého Slovenska.